Matematik Bölümü, Bölüm Başkanı başkanlığında; başkan yardımcıları ile anabilim dalı başkanlarının yer aldığı Bölüm Kurulu tarafından yönetilir. Bölüm, idari açıdan Fen-Edebiyat Fakültesi Dekanı ve fakülte kurullarına; fakülte ise Üniversite Rektörlüğü ve üniversite kurullarına bağlıdır.